欧洲的宗教改革始于14世纪，在16世纪路德和加尔文时期达到顶峰，在基督教内部引起了极大的震动，导致了北欧教皇的流失，损失惨重。但也有一些知识分子出身的基督徒站在了教皇一边，决定尽自己的努力挽回颓势，去东方传教，扩大影响，从其他地方挽回在欧洲的损失。因此，建立了许多组织，其中耶稣会是最大的男性修道院。
该协会于1534年由西班牙贵族罗亚在巴黎大学创建，并于1540年得到教皇保罗三世的批准。罗耀拉先后就读于巴塞罗那阿尔卡拉、萨拉曼加等大学和巴黎大学，创办了罗马学院和德意志学院。他的经历决定了他的宗教活动有尊重科学知识的眼光和条件。
经历了宗教改革暴力冲击的天主教，也在反思自己的错误，从内部进行改进和改革。
例如，罗耀拉不满罗马教会僧侣集团的腐败无能，他根据军事组织原则建立了自己的僧侣集团。耶稣会士不再遵循中世纪宗教生活的许多规则，如必须苦修和斋戒，穿制服，过隐居生活，而是可以渗透到社会各阶层，参加各种活动。如兴办学校、医院、投资工商业、进行科学研究等等。还可以以忏悔者的身份出入宫廷，以促进海外传教工作。最早到东方传教的是圣方济各沙勿略，1556年圣罗亚死后，他的传教士遍布世界各地。利玛窦、汤若望和南怀仁是在中国最有影响的传教士。
无论耶稣会士对教皇有多忠诚，都足以说明耶稣会士的传教工作可以归为文化交流而非文化侵略。尤其是在西方大规模对华军事活动尚未开始，欧洲教会与王权对立的时代，将其认定为政治军事侵略的先驱更是荒谬。通过独立的文化活动，他们在东西方文明之间架起了一座桥梁。后来由于双方的失误，两大文明失去了继续交流的宝贵机会，最终用鸦片和大炮代替了和平交流，给人们留下了很大的思考空间。特别是沙卜略的文化交流思想，具有重要的借鉴意义。
1540年，作为耶稣会的第一位传教士，沙贝罗前往印度和日本传教。他在印度传教时获得的经验是，只有品德高尚、学识渊博的传教士才能完成使命；日本的经验是，如果你想传道，你必须学习当地的语言；要想增加基督教在东方的魅力，就必须利用西方发展起来的自然科学作为工具。46岁时，沙罗因为疟疾而无法踏足中国大陆。但他的努力鼓舞了耶稣会的后代；他的传教经历通过书信传播到欧洲，成为宝贵的经验和后继者传教的敲门砖。582年，利玛窦成功地将基督教传入古代中国，他的行动表明他利用了三郎太的经验。比如他自己取了个中文名，学中文用中文布道，穿华服，细心传播科学知识，等等。他还利用中国文化中的崇天元素来命名宗教，并将基督教翻译成天主教。改革天主教葬礼，比如用橄榄油把全身换到额头，以此来探讨中国的男女礼仪习俗。这些入乡随俗的文化活动大大减少了传教的阻力。
目的和手段有时是颠倒的，耶稣会士的传教和科学活动在某种程度上是如此错位。
利玛窦解释了来中国的原因，他说：“我们是来自遥远西方的牧师，因为我们钦佩中国，希望留在这里侍奉上帝，直到我们死去。”然而，当他的科技活动在中国上层圈子里获得成功时，他不自觉地把主要注意力转移到了这方面。利玛窦的继任者汤若望、南怀仁、白晋、卫匡国、白英礼等，都因在传播科学技术方面的贡献，在中国上层社会有着非常广泛的交往。传教士还用奎宁治好了康熙帝的疟疾，西医受到康熙帝和上层社会的称赞。他也是费迪南德南怀仁康熙皇帝的科学启蒙老师。他精通天文历法，擅长铸枪。他是当时国家天文台业务的最高官员。他是工部的官修侍郎，他是二品。
教廷不能完全忘记这些传教士。
当使者们把他们认可和容忍在中国拜天拜祖的消息带到西方时，引起了教会和宗教裁判所的愤慨。他们指责传教士失职，批评中国人拜天拜祖是迷信，要求传教士回西方参加辩论。耶稣会士写中国的信仰和文化，准备在欧洲答辩，说明中国人对祖先和天地的崇拜不是迷信，而是礼仪。他们把这份文件拿给康熙皇帝看。康熙不仅支持他们，还高度评价了这份文件：“这本书很好，与天道相合。敬神、尊师、孝顺父母，是我天下臣民的习俗。这本书很扎实，不需要修改。秦！”御笔很少这么大方，可见康熙态度之诚恳。
然而罗马教会并没有屈服，双方的对抗不可避免地发生了。这些传教士的宗教归属和身份，甚至他们的人身安全，如果他们回去就成了问题。
在这种情况下，康熙皇帝对在中国的耶稣会士们说：不要回去，就在中国传教，我可以给你们发绿卡。许多耶稣会士最终在中国去世。在北京车公庄的外国传教士墓中，埋葬着包括汤若望、南怀仁等人在内的一批外国传教士，其中一些人获得了中国绿卡。