活性益生菌的主要作用可以达到稳定肠道内菌群平衡性的效果，同时还可以调理肠道，改善胃肠功能紊乱和大便排出不畅的情况。
活性益生菌中的微生物种类非常多，其中包括了氨基酸和活性抗菌小肽，同时还包括了有机酸，以及各种维生素、生化酶和活性氧还原成分子氧等，可以补充身体所需要的营养成分，也能改善体内的微生态平衡。服用活性益生菌类药物之后，可以达到改善胃肠道功能的效果，能够加速胃肠道的蠕动，有利于改善大便干燥或者是排便困难等症状，也可以缓解腹部胀气和食物不能快速吸收等情况。对于胃肠功能紊乱或者是急性胃肠炎所引起的大便次数增多，也能起到一定的辅助治疗效果。活性益生菌在服用之后可以抑制肠道内的菌群组织，有利于抑制体内的有害细菌和致病菌的生长和繁殖，提高胃肠道的防御机能，同时还可以增强自身的食欲。
此外，在服用大量的抗生素之后，可能会将肠道内的有害菌杀死，但是也会消灭很多的有益菌，所以在这时候可以适当补充活性益生菌，可以帮助恢复肠道的菌群平衡。