(一)鳄龟卵运输
由于鳄龟养殖业近年来的迅猛发展，各地鳄龟种交易频繁。从而导致鳄龟病的流行，给鳄龟养殖业带来一定损失，对于这一点人们的认识越来越深刻。而购进鳄龟卵由于受病原体污染机会少，价格低，孵出稚鳄龟发病率低，养殖成活率高，因而目前比较普遍的引种方式为购进鳄龟卵，自行孵化稚鳄龟。运输鳄龟卵可用杉木箱或铁皮桶、塑料桶等。装卵前先在箱底垫上2-3 厘米的一层垫料。垫料用细沙和细锯末按1 : 1 充分混合，锯末质地轻、富有弹性，有抗震作用，且透气性好;但太松，通气性大，易使鳄龟卵失水，掺入一半细沙可弥补这一缺陷;然后按鳄龟卵的孵化要求一层鳄龟卵一层垫料装卵，一般可铺卵3-5 层。装卵时应注意使鳄龟卵距箱壁2 厘米较好，以免运输震动时，损坏鳄龟卵，这种方法运输鳄龟卵相当成功，对后期孵化影响很小。
(二)稚鳄龟运输
稚鳄龟运输可用45 厘米*35 厘米*10厘米的杉木箱或塑料周转箱，箱底和四边均有通气小孔，易于搬运并能经受外部挤压。可以叠放，运输时通常可重叠5 层，能充分利用车厢空间，提高运输车的装载量。
装运时，先在箱底铺上一层去掉草根的洗净水草，然后每箱装上规格为10 克左右的稚鳄龟200 只左右，装好后再盖一层水草，然后上盖加封，运输途中每隔7-8 小时淋些与气温相同温度的河水，保持箱体一定的湿度。运抵目的地后，应先在盆中用当地水把稚鳄龟洗净，然后用饲料开食，并消毒放养，停食时间过长对稚鳄龟成活率有较大影响。
(三)商品鳄龟运输
运输方法较多。因不再进行养殖而销往市场，所以可以采取集装运输。
1 .编织袋运输编织袋或网袋透气性好，可用来装运商品鳄龟，通常一只长80 厘米、宽40 厘米的编织袋可装商品鳄龟2 只左右。装好后应扎紧以减少鳄龟的活动量，以防抓伤和咬伤，起运时可在编织袋底垫上30 厘米厚的水草，上面再盖一些水草，可使长途运输体色不变，活力较强，商品质量好。
2 .筐、篓、桶运输多用于短途运输，先在底部垫一层水草，然后一层鳄龟一层水草，一般可装3-4 层，运输成活率也很高。
3 .分隔运输箱装运用塑料周转箱按鳄龟的规格进行分格处理，每格原则上装一只活鳄龟，格内铺一些水草。装鳄龟后，上面再盖些水草。也可用泡沫塑料、海绵等代替水草，每箱都要绑牢，以防逃跑，箱盖上也要有若干个小孔，以利途中淋水。分隔运输可有效避免鳄龟的相互撕咬，可大大提高运输成活率和商品质量。
4 .冷藏厢车运输包装好的商品鳄龟，如果有条件用冷藏厢车运输，则效果特别好。商品鳄龟装好车后，关好厢门然后逐步将厢内温度下调到5-8 ℃ ，鳄龟就会停止活动，可进行长途运输。运到目的地后，再把厢温缓慢提高到与气温一致时，即可取出鲜活的商品鳄龟。
(四)亲鳄龟运输
亲鳄龟因价格高，个体大，加之运输时往往已是怀卵季节，因此对运输条件要求高，以免造成损失。
1 .运输季节以长江中下游地区而论，运输时间一般以4 月上旬或10 月中旬较佳。这两个时段气温适中，池塘水温在18-20 ℃ 之间，采选人池的种鳄龟在适应新的生态环境后，气温向上正好开食，抑或气温向下恰好进人冬眠期，亲鳄龟的运输成活率与下塘成活率均较理想。
2 .运输工具与包装目前采用的运输工具有汽车、火车和飞机，实行因地制宜组合联运，力求运输安全快捷，确保运输与养殖成活率。包装有大小包装之分。小包装用通透性好的薄布做成，规格为长50 厘米、宽50 厘米，袋口装上一根抽紧带，选好一只亲鳄龟装一只布袋，并将口扎紧准备装箱。大包装可用木板箱(见图17 )、铁皮箱或塑料周转箱，规格50 厘米*40 厘米*40 厘米，箱盖和箱侧壁上可钻些小孔以利通气。除了包装箱和运输工具外，还应准备一些鲜嫩水草，装箱前在箱底先铺上10 厘米厚的水草，然后将装袋的亲鳄龟平放到箱里，一般以铺满一层为止，千万不要重叠，以免途中颠簸压伤。装好后再盖一层水草，然后封好顶盖，装好的箱子可以重叠三到五层。为了避免日晒雨淋，最好搭上雨棚。
3 .安全快运装箱起运后，应选择既近又快又安全的路线行驶，做到统一指挥，周密安排，明确分工，责任到人，日夜兼程。如果运时超过2天，应在箱外稍喷些干净的清水，使箱体阴湿。这种运输方法，4 天内对亲鳄龟不会有太大的影响，运输途中定时对包装箱进行检查，防止箱子破损，箱垛倾斜，发现问题及时处理解决。
4 .卸车放养亲鳄龟运抵后，不宜马上放养，而应让亲鳄龟在箱内先适应一下当地的气温后再开箱拆袋。拆袋后先在消毒盒里进行鳄龟体消毒，有条件的还可注射抗菌素或维生素以提高抗病力，发现个别病鳄龟应单养治疗。放养时应逐只放在产卵场上，让其自行潜入水中，切不可直接投入深水里。放养后如水温和气温在20 ℃ 以上时，应立即投喂新鲜的动物内脏或小杂鱼虾，精心培育，使亲鳄龟尽快适应环境，恢复体力，以提高养殖成活率。