复旦大学出版社成立于1981年，2001年，与上海医科大学出版社两社合并，成立新的复旦大学出版社，下辖二级社复旦大学电子音像出版社。出版社下设编辑部、发行部、出版制作部、行政部，另有电子音像出版社、经世图文制作公司、经世书局、21世纪大学英语发行责任公司等独立核算机构。编辑部下设人文、新闻、科技三个编辑室和经管、外语、医学三个分社。复旦大学出版社现有员工130多人，年出版新书500余种，重印书600余种。复旦大学出版社一直坚持高水准一流教材与原创性学术著作的出版理念，强调出版社尤其是大学出版社应该承担起主体出版的重任，坚持大学出版为大学教学与科研服务的宗旨，强化学术出版功能，为繁荣学术和优秀文化的传承做出贡献。
为了使出版理念落到实处，复旦大学出版社实施“721”出书工程规划，即大专院校教材达70%，学术专著占20%，社会读物占10%。先后打造了复旦“博学”与复旦“卓越”两大知名品牌；“复旦博学”已推出人文、社科、经管、科技、外语、医学等6个系列近500种高校教材。这套书以原创性、高质量以及名校、名家、名作作为追求目标，已经形成较大影响。图书品种还在不断优化和扩充中。2004年，复旦社推出“复旦卓越”系列。“复旦卓越”已推出经济、管理、物流、会展、保险、外语、学前教育等7个系列的100多种高校教材。复旦“博学”、复旦“卓越”系列教材涵盖高等教育一级学科二十几个专业、数百种课程，《中国文学史》、《中国人口史》、《中国思想史》、《晚明史》、《旧五代史新辑会证》等、“复旦学人文库”、“火凤凰学术遗产”丛书、“名家专题精讲系列”、“现代医学系列”等等，均是原创性或独创性的重大学术成果。