小公鱼和麦穗鱼的主要区别是，科属不同、形态特征不同、产地分布不同，具体如下：
一、科属不同
1、小公鱼
小公鱼，别名大白公、公鱼、尧鱼、弱棱鳀等，是动物界、鳀科鱼类。
2、麦穗鱼
麦穗鱼，是动物界鲤科鱼类。
二、形态特征不同
1、小公鱼
体长而侧扁，吻钝圆，口大，下位，下颌略长于上颌，上颌骨末端伸达腮孔，两颌犁骨和颚骨均有细牙。无侧线。被圆鳞，易脱落。腹部于胸鳍和腹鳍之间有骨刺6~7枚。尾柄较长，尾鳍深叉形。体乳白间黄色，头部背面有两块绿斑。体侧有一条银白色纵带；背鳍鳍基部有一些小斑点。尾鳍黄色，后缘淡绿色，其他各鳍灰白色。
2、麦穗鱼
体细长，稍侧扁，尾柄较长，腹部圆。头小而略尖，上下略平扁。吻略尖而突出。眼大，眼间隔宽平。口小，上位，口裂近乎垂直，下颌较上颌为长，唇薄，无须。体被中大型的圆鳞；侧线完全而较平直。各鳍均无硬棘，体背侧银灰色，腹侧灰白，体侧鳞片后缘具新月形黑斑。雄鱼在繁殖季节，吻部有明显之追星。雌鱼及幼鱼体色较淡，体侧中央有一条黑色纵带。
三、产地分布不同
1、小公鱼
分布于印度洋和太平洋。我国沿海均产，但以南海产量较多。
2、麦穗鱼
原产于中国（南至广西、云南，北达黑龙江，西达兰州）、日本、韩国、朝鲜、蒙古、俄罗斯。
以上内容参考?百度百科-小公鱼、百度百科-麦穗鱼