区别一：读音不同
在《现代汉语词典》中，“呦”读 yōu，“哟”读 yō、yo；在《现代汉语规范词典》中，“呦”读 yōu、you，“哟”读 yāo、yao；在台湾《国语辞典》中，“呦”读 yōu，“哟”读 yāo。
区别二： 用法不同
呦——用于句首，单独一个字，如“呦，……”
哟——既可以用于句首，也可以用于句尾。
区别三：词性不同
哟yo助词。
(1)用于句末或句中停顿处：加把劲～。鲜菜～，鲜肉～，他都爱吃。
(2)歌词中做衬字：呼儿嗨～，他是人民大救星。
呦 yōu叹词
(1) 鹿鸣声 [the cry of deer]
呦呦鹿鸣,食野之苹。——《诗·小雅·鹿鸣》
(2) 表示惊诧声 [hey]。如:呦,怎么他又走了?
来了呦比来了哟更加准确，所以用来了呦。