尤其在中国档案事业发展史上具有纪念意义的是，受组织的委派，自1952年10月，吴宝康在中国人民大学主持创办了新中国第一个档案学专业，开始了建设新中国现代档案学和档案专业高等教育的毕生追求。
他先后任中国人民大学专修科档案班主任兼档案教研室主任、档案专修科主任、历史档案系系主任兼党总支书记，并任中国人民大学党委委员、常委。中国档案学会一、二届副理事长，三、四届名誉理事长。 ”文化大革命中“吴宝康受尽折磨，后与家人被“发配”江西劳动，留下了腿脚之患。1978年4月，党中央批准恢复中国人民大学，吴宝康重返工作岗位，历任人大档案系主任、教授、研究生导师，还担任了南京大学、苏州大学、上海大学、空军政治学院等校兼职教授，培养和造就了大批档案专业人才，直至1988年2月离休。1992年国庆节，因其对我国档案高等教育事业的突出贡献，荣获国务院发给的政府特殊津贴及证书。
吴宝康运用马克思主义理论，长期潜心于档案工作与档案学理论的研究，著述颇丰，主要有《档案学理论与历史初探》、《档案学概论》、《论档案学与档案事业》、《当代中国档案学论》、《档案学简明教程》、《中国大百科全书，档案学》、《档案学词典》和《论新时期档案学与档案事业》等。他长期担任中国人民大学学报《档案学通讯》的总编辑、编委会主任，是新中国档案学基础理论和中国档案学思想史研究的开拓者之一。
吴宝康早年在江苏从事革命工作，一直关心着江苏的建设和档案事业的发展。20世纪80年代初到90年代，吴老曾多次到江苏各地考察工作，作学术报告，推动了江苏档案学术活动的开展。作为《档案与建设》期刊的顾问，吴老更是倾注了满腔心血。期刊筹备时，吴老就给以热情支持，并在1984年创刊号上发表专稿《明确树立档案科学观和政策观，开创档案工作新局面》。从1984年到1996年，吴老在《档案与建设》上发表了《出路在改革，关键在利用》、《档案工作要为“科教兴国”服务》等有影响的文章。
吴宝康同志于2008年5月2日晚11时56分因病医治无效在北京不幸逝世，享年91岁。