1、切口涂色目录法。像图书一样，在第一页和最后一页设置目录。具体做法是：在扉页上写好书名、笔记小标题或同一主题内容的关键词等作为目录，在目录后面标记好用笔的颜色，再在相应书页的边缘处涂一个相同颜色的小色块。
2、等高标签法。在笔记本扉页从上到下依次写好每一种主题内容的关键词，然后在相应书页切口位置的等高处贴上相同颜色的便笺或可折叠的胶带，表示这些位置有同一主题的笔记。贴的时候要注意凸出几毫米，这样更便于直接翻到目标页。
3、重磅索引法。在书脊和切口处标明笔记本序号和用电脑制作读书笔记的索引资料。