彭司勋十分重视教材建设。建国初期，由于药学教材缺乏或内容陈旧，他在讲授有机分析、毒物分析和药品鉴定等课程时，即自编讲义，充实新的内容。如1952年担任全国法医师资提高班的毒物分析教学任务时，他克服重重困难，自编教材，指导实验，深受同学们欢迎。随着教学发展的需要，他深感要培养出合格的药学专业人才，必须更新教材，要编著适合中国高等医药教育的系统教材。他认为教材应根据培养目标，内容精，深、广度适宜，既要理论联系实际，又要能反映学科的发展。1957年，他受卫生部的委托，主编中国第一本药学专业的《药物化学》教材。1964年修订后，该教材内容更加充实，不仅受到国内医药院校广大师生的好评，而且日本、香港、新加坡药学会曾来函要求交换，在国际上产生了影响。此后，他还担任教学参考书《药物化学》（1978年）的修订、统稿工作。1985年，又主编全国化学制药专业的《药物化学》教材（1988年）。根据该专业的培养目标和药物化学面临的任务，这本教材内容作了较大的调整，增加了药物的构效关系、作用机理、生化代谢和药物设计等内容，并充实了新药研究的基本知识。后又主审医药函授教材《合成药物化学》 （1989年）。1988年，被聘为卫生部高等医药院校药学类教材评审委员会主任委员。
彭司勋还出任《中国药学年鉴》主编。该书是逐年连续出版的反映中国药学事业主要成就和发展概貌的综合性药学工具书，已出版七卷，在国内外有一定影响。他还是《当代中国的医药事业》（1988年）的常务编委， 《中国医药工业杂志》 、 《中国高等医学教育》和《实用医学词典》 （1988年）的顾问，《汉英医学大词典》（1987年）和《中国药典》英文版（1988年）、 《药学学报》 、 《药理学丛书》 、 《国外医学——药学分册》等杂志的编委，卫生部药典委员会委员（1959—1990年）。
自1950年底回国任教以来，除前述的课程外，他还讲授《药物化学》 、 《药物设计》和《药化选论》等课程，对待教学工作认真负责，精益求精，讲解清晰，重点突出，能理论联系实际，深受同学们的欢迎。
1956年，他开始招收药物化学研究生，1981年，中国学位条例施行后，国务院学位委员会批准他为首批药物化学博士研究生导师。他亲自讲授学位课程，对论文工作严格要求，耐心指导。他还紧密结合业务工作，经常对学生进行政治思想和品德教育，使青年人在学习科学知识的同时，也受到严谨的治学态度、踏实的工作作风和为人民服务的思想熏陶。彭司勋不论对本科生、研究生，还是对青年教师，一贯严格要求，循循善诱。他教书育人，诲人不倦的精神深受广大师生的称颂。
1978年，恢复研究生招生以来，彭司勋招收硕士生32名，已毕业获硕士学位26名。招收博士生5名，已毕业获博士学位2名。代招出国研究生6名，其中，1人已获博士学位回国。1989年，彭司勋被评为江苏省优秀研究生导师。
40多年来，彭司勋为国家培养了一大批药学人才，他们遍布全国各地，其中许多人已成为中国药学事业的骨干，成为某些领域的专家、学术带头人或单位的领导。