存单上的代付款凭证是有问题的，会有潜在税务风险。
《中华人民***和国发票管理办法》第二十条“销售商品、提供劳务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开据发票；特殊情况下由付款方向收款方开票。”《中华人民***和国发票管理办法》中第三十六条第三款“未按照规定开据发票”的，接受“由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处一万元以下的罚款”的处罚。
许多财务人员及业务人员错误的认为只要增值税专用发票扫描可以通过，进项税额就可以抵扣。事实上，只有用于生产经营且符合税务要求的进项税额才能抵扣。