保管电子会计档案方法有：信息收集、信息整理、档案保管。
1、信息收集：
电子档案信息的收集是档案管理部门将具有查考利用价值的文件转化为电子文件或者收集具有保存价值的电子信息。电子档案信息通常可以分为三类：
（1）与纸质档案内容相同的信息。在收集这类信息时，要注意与纸质等文件之间相互建立准确、可靠的标识关系，建立统一文件编号。
（2）在“无纸化”计算机办公或事务系统中产生的信息。应采取更严格的安全措施，保证电子文件不被非正常改动。同时必须随时备份，存储于能够脱机保存的载体上，并对有档案价值的电子文件制作纸质或拷贝件保留。
2、信息整理：
在电子档案的整理过程中，不再有“案卷”这一基本单位，因为电子文件借助于计算机，可以从任何角度进行分类、组合、检索，充分表现文件之间在来源、内容、时间、形式等方面的历史联系，不再需要专门]进行分类和组卷。整理工作结束后要进行信息的接收。
电子档案的接收方式有两种，一是软盘、磁带或光盘，二是网络归档和移交。不管哪一种方式都需要配置专门的电子文件格式转换设备，对接收档案进行统一转换，以解决对不同格式电子文件的识读问题。
3、档案保管：
电子档案的保管保持电子档案载体的安全。要注意的问题有：
（1）保持环境的温度为16~20°C和湿度为35~45%，以免发生化学反应。
（2）注意密封防止灰尘，避免信息丢失。
（3）注意避光，防止紫外线对光盘等的破坏。
（4）远离磁场和电场，以免发生磁化和消磁，破坏信息。