两者区别是词义不同、用法不同。
1、词义不同：“暗通款曲”意为私下进行不正当的勾当或接触，而“暗通曲款”并不存在这个意思。
2、用法不同：“暗通款曲”是一个成语，而“暗通曲款”并不是一个常用的成语，在某些方言或口语中存在，但正规文献中较少使用。