桑原骘藏生前与死后出版的学术著作有《中等东洋史（二卷本）》《宋末提举市舶西域人蒲寿庚的事迹》《东洋史说苑》《东西交通史论丛》《东洋文明史论丛》《支那法制史论丛》《考史游记》等书。1968年，日本的岩波书店将这些著作集结，出版了六卷本的《桑原骘藏全集》。该全集的第六卷为别册，内容包括桑原骘藏本人所藏图书的目录和全集一至五卷的总索引两个部分，而桑原骘藏本人的著作为前五卷。钱婉约博士在其翻译的《东洋史说苑》的附录《〈东洋史说苑〉及桑原中国学》一文中提及《桑原骘藏全集》全五卷[3]，这种说法可能专指前五卷专著，忽略了第六卷别卷。但严格地说，这种说法有误，《桑原骘藏全集》全六卷才为正确的提法。
在桑原骘藏著作之中，在中国流传时间最长，影响最深远，最广为人称道的应为《中等东洋史》和《宋末提举市舶西域人蒲寿庚的事迹》。
《中等东洋史》作于桑原骘藏研究生期间，1898年首次出版。尽管成书时间比较早，但这并不影响《中等东洋史》在东洋史研究领域内的重大作用和地位。桑原骘藏的以西方世界历史的观点来看待东洋历史（尤其是中国历史）的治学特点在《中等东洋史》多有体现。在桑原骘藏的笔下，没有任何一个历史事件是孤立于其他历史事件之外，不受外界因素影响的。这些普遍联系的因素，包括一个国家的地理位置、自然环境、人种或民族、区域形势等等。从现在的眼光来看，将一个地区看做整体，或者将整个世界看做一个整体从而进行研究的方法并无特别之处，但是从当时的角度来说，桑原骘藏的这种大眼光的确是有超前与进步之处的。《中等东洋史》已一经出版，就在当时的东洋史研究领域产生了不小的影响，不少学校纷纷以此书作为东洋史学科的教材，中国的上海东文学社也在1899年引进了此书，由樊炳清翻译，王国维作序，以《东洋史要》为题出版。这也是桑原骘藏第一部被中国学者接触并接受的著作。在这之后，中国国内出现了几种《中等东洋史》的译本，成为了清朝末年颇受欢迎的中国史读本。梁启超评价：“此书为最晚出之书，颇能包罗诸家之所长”，“繁简得宜，论断有识”。 王国维亦有同感，是书 简而赅，博而要，以视集合无系统之事实者，尚高下得失，识者自能辨之。” 但也有部分学者，对此有不同看法。黄现璠对《东洋史要》评道：“上古史，尚插以神话；文化材料，多付阙如；且重要史事，亦多遗漏，实非完善之作。不过在当时教科书中，称为善本，名贤同声推重，几至人手一简，可知国人历史知识，在日人之下，由来己久。呜呼！亡国非一道，救国亦多端，吾国史学家，其知猛醒焉末？” 傅斯年在留心观察中国史教科书的编写后指出：“近年出版历史教科书，概以桑原氏为准，未有变更其纲者。”[4] 由这些学界名贤对此书的议论，可知当时《东洋史要》在中国的影响。
《宋末提举市舶西域人蒲寿庚的事迹》则是桑原骘藏在中西交通史领域内的重要著作。该文最初在日本东京帝国大学《史学杂志》上连载（1915~1918），后由岩波书店以《蒲寿庚之事迹》为题出版。1929年，冯攸将该书译为中文，由商务印书馆以《唐宋元时期中西通商史》为题出版。同年，陈菁亦将该书译为中文并补充考证，由中华书局以《蒲寿庚考》为题出版（下文通称《蒲寿庚考》）。《蒲寿庚考》书分五部分：第一章，蕃汉通商大势；第二章，蕃客侨居中国之状况；第三章，蒲寿庚之先世；第四章．蒲寿庚之仕宋与降元；第五章，蒲寿庚之仕元及其亲族。桑原骘藏在考证蒲寿庚的个人事迹的同时，也深入地研究了唐宋元时代中国与阿拉伯国家的海上交流。桑原骘藏不仅参考了大量的中国学者的研究与史料，也收集了可观的西方学者的成果，这种丰富翔实的考证正是《蒲寿庚考》的特色。陈菁在他的译者序中就直截了当地认为：“桑原骘藏《蒲寿庚之事迹》，征引详富，道人之所未道。于中西交通之往事，发明不少，非徒事襞绩旧说者可比，为史界所推重者久矣。”[5]