日语中的常用汉字是规定的，数目也基本固定。要是没记错好像是500多个。
当常用汉字出现时就用汉字，生僻字就用假名。
中国人会写的日本汉字往往比日本人多。但要注意汉字，繁体字和日语中汉字的细微差别。
至于如何区分，楼主平时看书时就要加深印象，那些词使用假名写的。
不妨查查字典，那些假名的单词，80%是原本有汉字的，只是不是常用字，所以没有打出来。相反的，那些写了汉字的，就是常用汉字了。
就按书上的记忆，不会混乱的。
没有必要特意学汉字。
日本有汉字字典的。比如说汉字源。有每个汉字的音讯读法和放在人名中的读法，解释组词之类的。楼主有兴趣的话可以搞一本娱乐用。
其实还是一次性破费买个电子词典比较好。一般里面都有20多本词典。省时，又轻便。