目前学界对真菌的分类有很多不同系统，本文按《真菌词典》第9版（2001）的分类系统对真菌进行简要分类。 营养体为原生质团，以整体产果的方式繁殖，营养体以原生质割裂的方式形成大量散生或堆积在一起的孢子囊。形成的孢子囊有两种，一种是薄壁游动孢子囊，由无性繁殖产生；另一种是休眠孢子囊，一般认为是有性生殖产生的。形成游动孢子囊的原质团和形成休眠孢子囊的原质团在性质上有所不同：前者是单倍体的，由游动孢子发育而成；后者是二倍体的，一般认为由两个游动孢子配合形成的合子发育而成。休眠孢子囊萌发时通常释放出1个具有2根长短不一尾鞭型鞭毛的游动孢子。因此，这类休眠孢子囊习惯上称为休眠孢子。休眠孢子分散或聚集成堆以及休眠孢子堆的形态是原生菌类植物病原菌物分类的重要依据。根肿菌均为寄主细胞内专性寄生菌，寄生于高等植物根或茎的细胞内，有的寄生藻类和其他水生菌物上，寄生高等植物的往往引起寄主细胞膨大和组织增生，受害根部肿大，故称为根肿菌。仅根肿菌纲（Plasmodiophoromycetes）根肿菌目（Plasmodiophorales）根肿菌科（Plasmodiophoraceae），已知月15属46种。在Ainsworth（1973）分类系统中与卵菌、壶菌同属于鞭毛菌亚门（Mastigomycotina）。