海洋真菌的出现要比细菌大约晚10亿年，因此它是微生物王国中最年轻的家族。真菌由多细胞丝结构，能产生孢子进行有性和无性繁殖。真菌和细菌、放线菌最根本的区别在于它拥有真正的细胞核，因此真菌的细胞又称为真核细胞。从原核细胞发展到真核细胞，是生物进化史上的一个重大事件。
大部分海洋真菌大多数栖于某种基物而生活，只有少数真菌不依赖基物而自由生活。根据海洋真菌的栖生习性，可将它划分为五种基本的生态类型，分别为木生真菌、寄生藻体真菌、红树林真菌、海草真菌、寄生动物体真菌。
海洋真菌在海洋食物链中发挥着重要的作用，它参与海洋有机物质的分解和无机营养物的再生过程，为海洋生物不断提供生命所需的物质。特别是在海洋沉积物中的真菌丝体和酵母菌体，是很多海洋动物的食物来源。有些海洋真菌能产生抗菌素和结构独特的活性物质，在生态和应用方面有着不可忽视的作用，如降解海洋中的污染物、促进海洋自净等。利用海洋真菌加工麦皮、甘蔗渣、稻草等，可制成微生物碎屑混合物，用作水产养殖中的饲料。这种做法有可持续发展、质量高、成本低廉等优点。