其实这个问题很简单，就比如一个中国人在用字典查“好”字的时候，一看到“爱好”就会知道它是第四声，一看到“好人”就知道它是第三声一样。
从小到大都在同一个语言环境中长大的人，有很多东西是不需要教的。而是耳濡目染地学习。
日本人说日语也是，每个单词的音调和多音字的读法都是从小就开始一点点学会的。所以那都是后学习的，如果要说日本人为什么会掌握那么多单词的音调，答案很简单，人家母语就是日语，天天在用在学。
同时不要认为日本字典没音调数字日本人就能完全掌握全部词汇的读音了，日本人对新生单词也经常读错音调的。不过听过几次就知道怎么读了，这和我们的中文是一样。