虽然典型患者有眼、口、生殖器等损害，但临床过程各不相同。大多数病程很长，反复发作，最长者达41年。少数为顿挫型，短期发作后不再复发。常可自然缓解，缓解期由数月至数年不等。白塞病死亡率不高，少数患者可死于神经系统疾病、血管性疾病、肠穿孔、心肺疾病或免疫抑制剂治疗的并发症。
一般症状：
在发生黏膜溃疡之前的数月至数年内，会反复出现以下一些症状和体征：全身乏力、不适、食欲减退、体重减轻、头痛、出汗、体温低或升高、淋巴结肿大、胸骨下和颞部疼痛。常有反复发作的咽喉痛、扁桃体炎、肌痛、无明显关节炎的游走性疼痛性红斑。