两者的区别有：词义不同和用法不同。
1、词义不同：暗通款曲是一个成语，意思是私下里进行一些接触。这个成语通常用于形容两个人在背地里进行秘密的行为。这个成语的使用可以追溯到汉朝秦嘉的《留郡赠妇》诗：“念当远别离，思念叙款曲。”在这里，“款曲”指的是殷勤、诚挚的情感，而“暗通”则表示私下里进行。
然而，暗通曲款并不是一个常用的成语，是暗通款曲的误写或变体。在标准的汉语词典中，并没有收录暗通曲款这个词汇。
2、用法不同：在使用上，暗通款曲通常用于描述秘密的交流，带有贬义。而暗通曲款由于不是一个标准的成语，其使用会因人而异。