古代日本没有文字，只有语言（固有语言）。
受中国文化的影响，从中国引入大量的汉字和汉语词汇，并且直接按当时的中文读法读音，音读就是按古代中国的音去读汉字，这种读法就叫音读。所以音读有些像汉语的读音。
但是如何用汉字记述日本的固有语言呢？就采用训读的办法。所谓训读就是用日本固有语言读汉字。
一般来讲凡是汉语词汇都是音读，如学生（かくせい）、出席（しゅっせき）。。。等等。
固有词汇则用训读，其特征是汉字后面还带一些假名，如习う（ならう）思う（おもう）等等。
单个汉字就可能是训读，也可能是音读（较少）。
有的词可能是音训交读，如“训读”也可读作训読（くんよみ），くん是音读，よみ是训读。（也可音读为くんどく）。
总之，你这个问题不是一两句话可以说清楚的，看多了就大体上可以判断出到底怎么读（当然不是全部）。
只希望对你的理解有所帮助。