清末，维新变法运动日趋高涨。维新派在教育方面提出了“改革科举，兴办学堂”的主张，得到了光绪皇帝的
赞同。光绪于二十四年（一八九八年）下诏改书院为学堂。光绪二十七年（一九零一年），严州知府留宗标商请双峰书院院长王韧，将府立双峰书院改为六睦学堂（意为睦州六县之学堂），王韧为堂长，立石碑《修改六睦学堂记》。六睦学堂的创建标志现代新学之始，这就是本校的诞生。 1949年5月建德解放。不久本县简易师范和从淳安迁回的严州师范并入严中。
2005年，严州中学教育集团正式成立，拥有严州中学梅城校区、严州中学新校区、新世纪实验学校三所成员学校。