任继愈先生把总结中国古代精神遗产作为自己一生的追求和使命，致力于用唯物史观研究中国佛教史和中国哲学史。在中国古代诸子百家中，他最初相信儒家。解放以后，他接受了马克思主义。在用马克思主义总结中国古代哲学的工作中，他是做得最好的一位。由他主编的《中国哲学史》（四卷本）从二十世纪六十年代开始，就是大学哲学系的基本教材。四十年来，培养了一代又一代哲学工作者。七十年代后期，他又主编《中国哲学发展史》（七卷本，已出四卷）。他在《寿命最短的黄老学派 效应长久的黄老思想》一文中，指出“司马迁的《史记》把老子与韩非合在一起，写成《老子韩非列传》。古人曾指责司马迁分类不当，认为老子不应与韩非摆在一起，其实两家有相融相通处，《史记》的安排并不能算错，而且是可以理解的。”[1]
二十世纪五十年代，他把对佛教哲学思想的研究作为研究中国哲学的组成部分。从二十世纪五十年代起，他连续发表了几篇研究佛教哲学的文章，受到毛泽东的高度重视。这些论文后来以《汉唐佛教思想论集》出版，成为新中国用马克思主义研究宗教问题的奠基之作。1964年，他奉毛泽东主席和周恩来总理之命，组建世界宗教研究所。几十年来，世界宗教研究所培养了一批批宗教研究人才。他在继《汉唐佛教思想论集》之后，又主编《中国佛教史》（八卷本，已出三卷）、《中国道教史》、《宗教大辞典》、《佛教大辞典》。
任继愈先生第三项学术贡献是提出了“儒教是教说”，这一判断根本改变了对中国传统文化性质的看法，是认识中国传统文化本来面貌的基础性理论建树。这些年来，“儒教是教说”逐渐得到学术界理解和赞同。
任继愈先生的第四项学术贡献，是领导了大规模的传统文化的资料整理工作。从上世纪八十年代开始，任继愈先生就领导了《中华大藏经（汉文部分）》的整理和编纂工作。全书106册，1.02亿字。目前，《中华大藏经（下编）》也已经启动，预计2亿-3亿字。同时，任先生又主持编纂《中华大典》，预计7亿字。
任继愈先生的第五项学术贡献，是始终坚持以科学无神论为思想基础的马克思主义宗教观，坚持宗教研究中的马克思主义立场，坚持用无神论思想批判形形色色的有神论，抵制各种打着科学和民族文化旗号的土洋迷信。在他的领导下，创办了建国以来、也是迄今为止唯一的以宣传无神论为宗旨的杂志：《科学与无神论》。
专著有《汉唐佛教思想论集》、《中国哲学史论》、《任继愈学术论著自选集》、《任继愈学术文化随笔》、《老子全译》、《老子绎读》等；主编有《中国哲学史简编》、《中国哲学史》（4卷本）、《中国佛教史》（8卷本，已出第1、2卷）、《宗教词典》、《中国哲学发展史》（7卷本，已出第1、2卷）等；此外，还主持《中华大藏经》（汉文部分）的编辑出版工作；主要论文收集在《汉唐佛教思想论集》和《中国哲学史论》中。