我国的生态补偿工作才刚刚起步。已实践多年、取得了很大成绩的退耕还林，在执行过程中存在着贯彻“生态目标不到位”和“给农民的补偿不到位”的问题。前者表现在护林环节上，农民出钱出力确保生态效益的动力不足，后者表现为经济补偿没有及时全部兑现给农民，加上后续产业开发未跟上，一些地区尤其是少数民族地区出现了贫困面增大的趋势。作为中国第一个大规模生态补偿实践，“生态目标”不能实现，将影响到这一政策的成败。由于生态林的成长和生态效益发挥需要近十年的时间，生态效益又主要是公益性的，因此生态目标在其他目标中最为脆弱，很容易成为急功近利的牺牲品。而“经济补偿”落实不到位，不仅会使退耕还林难于持续或出现反复，还可能在一些地方加剧社会矛盾。这也说明，真正的生态补偿机制的建立是一种远比想象深刻的社会利益大调整和制度创新。
退耕还林政策只是我国建立生态补偿机制的一次成功实践，还有许多方面都需要生态补偿机制。城市水源地的发展与保护的矛盾，江河上游水资源利用与中下游用水的矛盾，生态屏障的建设与投入的矛盾，喀斯特地区过度开垦导致的水土流失和沙漠化问题，草原过度放牧或过度耕种带来的风沙问题，以及自然保护区的保护问题等。虽然已有许多政策措施，但由于没能从机制上解决生态价值补偿问题，即使一些地方的保护与发展关系得到协调，也还有许多不稳定因素，影响可持续发展。这正是人们纷纷呼吁解决生态补偿问题的原因。 生态补偿真正付诸实施，还面临不少问题。诸如生态补偿机制的具体内容和建立的基本环节是什么；生态补偿的定量分析尚难完成，制定各地区域生态保护标准比较困难；生态补偿立法远远落后于生态问题的出现和生态管理的发展速度，许多新的管理和补偿模式没有相应的法律法规给予肯定和支持，一些重要法规对生态保护和补偿的规范不到位，使土地利用、自然资源开发等具体补偿工作缺乏依据；生态建设资金渠道单一，使所需资金严重不足等。生态补偿涉及公***管理的许多层面和领域，关系复杂，头绪繁多。生态服务功能价值如何评估，生态环境保护的公***财政体制如何制定，流域生态如何补偿，重要生态功能区的保护与建设怎样进行，都需要采取措施加以解决。
在建立我国生态补偿机制上面临的种种困难，并不是因为它不重要不迫切，应从可持续发展的战略高度对中国建立生态补偿机制进行系统的审视与研究，这也是进一步落实科学发展观、促进区域协调发展和人与自然和谐的重要步骤。 全国人大代表、四川省乐山市委书记姜晓亭认为，在新形势下，党中央、国务院越来越重视生态环境建设和保护，但从地方经济发展和农民增收看，现行的生态补偿政策还不尽完善。
“根据我们的调查，当前的生态补偿政策，在实行中存在三个不明显。一是促进农民增收致富不明显，无论是天然林保护还是退耕还林工程建设，短期内都是没有直接效益产出的，其中水土流失严重的地区的生态林只能产生生态效益而没有经济效益，导致这些地区的农民增收困难；二是推动地方经济社会发展不明显，三是调动地方生态建设的积极性不明显，一些地方出现生态好，地方反而穷的反差现象。