对军事工程学院和国防科技大学的奉献
1952年11月，曹鹤荪接到周恩来总理签署的调他去哈尔滨军事工程学院任教授的命令，他毅然北上。到哈尔滨后，被指派为院科学教育部教务处处长，负责全院教务工作。他首先参加组建全院基础课、专业基础课和专业课教授会（教研室）的工作。随即狠抓教师队伍的建设，负责把从全军抽调来院的大学毕业生培训为助教的工作。在本科教育方面，则认真落实苏联顾问提出的经毛泽东批准的第一期学员的教学计划；又与苏联顾问一起草拟了第二期学员的教学计划。在提高教学质量方面，则有计划有步骤地开展教材编写和实验室、专修室的建设工作。学院创办之初，人员来自各方：一为以第二高级步校为主的有战斗经验的各级管理干部，他们还有延安抗大的经验；一为由周总理出面从各大学、研究所几十个单位调来的有教学经验、有真才实学的60余位正副教授，他们有按欧美模式办中国大学的经验。由于经历不同，有时分歧很大。陈赓院长尊师重道，礼贤下士。提出“将相和”的“两老”办院原则，曹鹤荪认识到统一教学指导思想的工作十分艰巨，十分重要。为了办好哈军工，曹在徐立行教育长领导下，停止一切讲课和原定的教材翻译及编写等技术工作，集中全部精力，认真落实苏联顾问的教学计划。作为教育长的助手，他在教学工作中强调高等技术教育必须突出培养学生的独立工作能力。不同意“老师抱着学生走”，不同意在业务学习上推广“一帮一、一对红”的互助经验。强调入学标准要高、基础知识要厚、对学生要求要严；强调要把好入学关、升留级关和毕业关。原学院第二任院长刘居英认为：在学院创办初期，曹鹤荪起到了组织好教学工作的作用；在学习苏联经验方面，在老干部与苏联专家之间，曹鹤荪起到了重要的桥梁作用；为教学工作迅速走上正轨做出了贡献。
1956年，曹鹤荪在行政工作之余，给海军工程系开设了弹塑性力学。1960年，他兼任教务部副部长后，学院教学工作已走上正轨。1961年，他参加了学院教学组织工作条例（即80条）的起草与修订工作。1962年他建议严格按升留级规定淘汰一批因降低招生标准而多招收的学生。
1958年，气动弹性力学问题在飞机设计工作中突出了出来。空军工程系请曹鹤荪开设这一门跨学科的新课，并指导卢叔全、李风蔚和杨永年三位年轻助教开展这方面的教学和科研工作。曹鹤荪接受任务后帮助三位助教先学矩阵，再以讲授和讨论的方法逐章学习比斯普林霍夫（R．L．Bisplinhoff）等人写的《气动弹性力学》打基础。然后以非线性颤振为主攻方向，1962年卢叔全和李风蔚都写出了相应论文。1963年在十周年院庆第四届学术报告会上曹宣读了综述论文“板的颤振”。以后侧重抓颤振的实验研究和仿真计算方法，李风蔚在1．5米风洞中进行了二元机翼的颤振实验，曹和卢在空军系自动化专业的模拟计算机上进行颤振仿真计算。与航空工业部歼七设计组也建立了技术合作关系，深入分析颤振现象对歼七的偏航力矩系数对侧滑角的导数值之影响。1964年，李风蔚又应用气动弹性力学的方法创造性地解决了3．5米×2．5米低速风洞（在1965年至1975年间为全国最大风洞）塔式天平令人头痛的塔心调整问题，
文化大革命
消除了各分力间的干扰，使天平精度大大提高。在教学方面，1960年曹鹤荪给本科生开出了气动弹性力学新课，次年1月，出版了《气动弹性力学》。1966年6月“文化大革命”开始，气动弹性力学研究工作中断了。 在“文化大革命”中，曹鹤荪被错定为“执行资产阶级办学路线的反动学术权威总代表”，受到严厉批判。极“左”的批判正好从反面说明曹鹤荪的办学指导思想是正确的。1967年他不仅被隔离、审查、批判和斗争，原有的生活、居住条件也都被剥夺。1969年解除关押，次年他参加《英汉航空与航天技术辞典》之编纂工作并任主编，用自费2000余元陆续购买了多种字典词典，不顾血压高，夜以继日地伏案工作达7年。该辞典1976年出版，1978年获全国科学大会奖。
1978—1984年曹鹤荪被任命为国防科技大学副校长（1978—1980年兼任训练部部长）。随着学校培养方向的变化，他提出理工结合的专业设置思想，提倡编写高水平的教材。他负责抓研究生的培养工作，制定了一套规章制度，获得国家教委好评。
1984年1月曹鹤荪光荣地参加了中国***产党。
1985年他参加《中国大百科全书》的编写工作，是《航空航天卷》编委和综合分支主编，又是该书《力学卷》的编委。
1985年在瑞典斯德哥尔摩召开的国际宇航科学院建院25周年纪念大会上，被提名并当选为国际宇航科学院院士。