综述：有it。因为keep是一个及物动词。that是对it的补充说明。
keep sth.in mind这是本短语的标准用法；
当sth.指代内容过长，或者是that从句时，就后置，典型的就是keep in mind that…（意即此时是没有it的）
词语使用变化：keep
v.（动词）
1、keep的基本意思是“保留，保管，保存，留下，保持”，指使某人或某物继续保持某种状态。引申可作“管理，经营”“料理，照顾”“抚养，养活，饲养”“遵守，维护”“庆祝”“耽搁”“记”等解。
2、keep可用作及物动词，也可用作不及物动词。用作及物动词时，接名词或代词作宾语（不可接动词不定式作宾语），也可接双宾语，其间接宾语可转化为介词for的宾语。keep用作不及物动词作“保存”解时，主动结构常含被动意义。