我感觉用云端的好处是软件安装不产生注册表垃圾，不管装多少软件，保证不拖系统启动速度。而且重装系统的时候大大简化了装机速度，仅需要装原版系统打补丁，装安全软件，剩下的就交给云端了，降低系统崩溃的风险。还有对于一些未知风险的软件，选择安装云端里，等于上了道保险，卸载软件如同删除绿色版软件一般，一键删除不留垃圾。另外，你可以把桌面软件图标尽可能删除，只留一个C面板，系统看起来也干净清爽。
弊端也有很多，云端还是不太成熟，云端对64位系统不支持，对与WIN7，很多软件无法运行（这也有软件本身的原因）。
你说的单独的软件，云端里有很多，比如一些修改版的软件，评分也很高，我接触的一些神器级的软件很多是通过评分推荐入手的。
至于安全性，切记云端不是沙盒，虽说跟沙盒相似，但是安全性能还是差一点，你若是拿云端来试验病毒木马很可能会杯具，所以安全软件最好不要装云端里。安全软件装在系统最底层，即使云端倒下，也还有最后一道屏障。
我来说说我的桌面右下角：免费V10红伞，金山卫士（含网盾局域网开ARP），shadow defender（主要用来保护WIN7系统），开系统墙。除了上述安全软件还有解压缩软件，输入法，OFFICE，其他所有软件均装在云端内。