简单地说，这是因为两个第四声的字并列在一起不好读的缘故。
说得详细点，我想说现代汉语是存在音变问题的，但我们日常能接触到的音变只有三种：1，变调；2，轻声；3，儿化。其中变调比较常见的又有三种情况：1，上声的变调（上声就是第三声，这个问题展开的话比较复杂，你愿意的话可以去查《现代汉语》黄伯荣、廖旭东版，反正跟“下载”的问题没有关系）；2，“一”和“不”的变调；3，“七、八”的变调。
总之，“下载（zǎi）”是错误读法，没有什么可质疑的，不需要怀疑咱们的词典。
*附（转自汉典 /zd/zi/ZdicE8ZdicBDZdicBD.htm ）：
● 载
（载）
zǎi ㄗㄞˇ
1. 年；岁：千～难逢。三年两～。
2. 记录；刊登；描绘：记～。连～。转～。
其它字义
● 载
（载）
zài ㄗㄞˋ
1. 装，用交通工具装：～客。～货。～重。～体。装～。满～而归。
2. 充满：怨声～道。
3. 乃，于是（古文里常用来表示同时做两个动作）：～歌～舞。
4. 姓。