简单来说，亲王发令叫令旨，皇后或者皇太后、太皇太后发令才叫懿旨。
“旨”的本义是美味的食物，后来演变出了意见的含义，不同人物的意见，也就是不同的旨。
旨，凡天子谕告臣民曰诏旨，下承上曰奉旨。——《正字通》放到书面上，就是皇帝的圣旨，皇后的懿旨，太子和亲王的令旨，各级官员的钧旨等等。
“懿”的意思是美好，后来发展为多指女性的德行美好，而皇后、皇太后、太皇太后这几位女性都可称为国母，谁敢说她们没有德行？肯定要高呼德行美好啊。她们发出的命令，也就被称为懿旨。
朕钦奉皇太后懿旨。——《清高宗实录》至于皇太子和亲王发令，则是令旨。
令旨原本是指帝王命令的，宋朝以后则指太子和亲王的命令，偶尔也有皇太后命令为令旨。
僧辩既入，背泉而坐，曰："鲍郎，卿有罪，令旨使我鏁卿，勿以故意见待。"——《梁书·王僧辩传》（皇帝命令称令旨）国朝所司承旨之别：乘舆称圣旨，中宫称教旨，储闱称令旨。——宋·岳珂《愧郯录·圣旨教令之别》（太子命令称令旨）我太祖为吴王时，凡用人行政见于牒文，则曰“皇帝圣旨，吴王令旨”。《皇明通纪》（吴王朱元璋的命令称令旨，皇帝指龙凤政权皇帝韩林儿）癸卯，以皇太后命为令旨。——《金史·章宗纪一》（皇太后命令称令旨）就权力含量而言，一般是皇帝的圣旨最重，但如果是后宫垂帘听政的话，懿旨完全可以做到压制圣旨。令旨则经常是圣旨的从属，就算是朱元璋这种自封亲王的实权人物，名义上也是要把圣旨摆在前面的。
当然历史上也有皇太后和皇帝不和的情况，皇太后压制皇帝，在这种情况下，懿旨的作用在宫廷中就起到大用了，不过在朝廷发布命令还是以圣旨发布。