明代末年，我国北方蒙古族以大漠为中心，分为三大部分。在大漠以南各部称为漠南蒙古，大漠以北，称为喀尔喀蒙古，即漠北蒙古，大漠以西各部称为漠西蒙古，即卫拉特蒙古。
喀尔喀蒙古 中国清代漠北蒙古族诸部的名称。初见于明代，以分布于喀尔喀河得名。15世纪末叶，元太祖15世孙巴图孟克（达延汗）统一东部蒙古后，将漠南、漠北原来各不相属的大小领地合并为6个万户，分为左右两翼。喀尔喀万户属左翼，***十二部。内五部居喀尔喀河以东，巴图孟克封授第五子阿尔楚博罗特；外七部居河西，封授幼子格埒森扎·札赉尔珲。巴图孟克死后，内五部逐渐南徙，清初编旗，属内札萨克旗（即内蒙古）；格埒森扎留居故地，仍号所部为喀尔喀，辖地逐渐扩大，据有漠北地区（即外蒙古）。
科尔沁蒙古 科尔沁部落，为成吉思汗二弟哈布图哈撒尔后裔孛儿只斤氏，科尔沁有好儿趁、豁尔臣、胡洛真、火儿赤、尔填等多种汉语音译名见著典籍。科尔沁部原居住在额尔古纳河、海拉尔河和呼伦湖一带。明代中期东迁至嫩江一带。为区别于同族之阿鲁科尔沁，称为嫩江科尔沁，亦即嫩科尔沁。明正德年间，达延汗之死，导致漠北兀良哈万户反叛，发生战乱。为避战乱，嫩科尔沁部于嘉靖年南迁到已西迁的兀良哈三卫之地驻牧。明天启四年（1624），科尔沁部首领与努尔哈赤于伊克唐噶哩坡刑白马乌牛正式结盟。1626年，努乐哈赤封奥巴为土谢图汗。1636年，皇太极即皇帝位，改元崇德，定国号为大清。清对蒙古部族实行盟旗制，其时嫩科尔沁又分为科尔沁、郭尔罗斯、扎赉特、杜尔伯特等部。嫩科尔沁按满洲旗制编为10旗：科尔沁一部6旗，分左右翼各前中后3旗；郭尔罗斯一部2旗，分前后各1旗；扎赉特一部1旗；杜尔伯特一部1旗。这也就是人们所主的“嫩十旗”。旗上置哲里木盟。
漠南蒙古 明朝建立，元朝残余势力退至长城以北，史称北元。北元后分裂成许多部落。察哈尔部为漠南蒙古中一支显赫的部落，末代蒙古大汗林丹汗即在此。十七世纪初，建州女真兴起于赫图阿拉（今辽宁新宾），控制了女真各部。万历四十四年（公元1616年），努尔哈赤创建后金，并逐渐向内蒙古草原进行扩张。蒙古察哈尔林丹汗（虎敦兔汗）雄踞一方，也有重新统一蒙古的雄心。位于后金和察哈尔部之间的科尔沁六部和喀尔喀五部，成为双方争夺的重要对象。明崇祯七年（公元1634年），林丹汗在青海去世。次年，后金军继续进攻察哈尔余部，林丹汗之子额哲奉母献传国玺归降。鄂尔多斯部也为后金所并。至此，漠南蒙古全部统一于后金。