不是，二者有区别。
主要区别是，指代不同、用法不同、近义词不同、引证解释不同，具体如下：
一、指代不同
1、诡计多端
意思是欺诈的计谋层出不穷。
2、神机妙算
形容善于估计复杂的变化情势，决定策略。
二、用法不同
1、诡计多端
主谓式，作谓语、定语，含贬义。
2、神机妙算
联合式，作谓语、宾语、定语，含褒义。
三、近义词不同
1、诡计多端
近义词：诡变多端、鬼计多端。
2、神机妙算
近义词：锦囊妙计。
四、引证解释不同
1、诡计多端
明·罗贯中《三国演义》第一百十七回：
“绪曰：维诡计多端，诈取雍州。”?
白话文：
“绪说：‘在诡计多端，诈骗雍州。”
2、神机妙算
《后汉书·王涣传》：
“又能以谲数发擿奸伏，京师称叹，以为涣有神算。”
白话文：
“又能用奇谋异术发现潜藏的坏人坏事，京师称赞，认为王涣有神机妙算。”
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