It is clearly his young assistant who is running

你好！

这是病句。先不管语义，仅从语法分析。

clearly 是副词，这里没有可修饰的谓语动词。应该用clear， 作为表语。

（that）his young assistant who is running 是事实主语，是主语从句，其中无端多出来个连接代词who，成为个病句。去掉who即可。