区别首先就是意思上的不同，用法的话就要关系到“短语动词”的用法，我觉得这有些复杂，所以最好你去买一本《牛津高阶英汉双解词典》，在R13.14.15页有很详细的解释。(放心，我没有推销的意思，真心推荐)
如果单就词组来回答，《牛津词典》上也有解释。
come out:(太阳，星星或月亮)出现，露出；(花朵)盛开，开花；出版；发行；发表；(消息、真相等)被获知；为人所知；(照片)冲洗(或印刷)清楚；显示；显出；讲出；说出；公开表明(同意或不同意)；罢工；公开表明自己是同性恋者；初入社交界。——但常用的也就前几个。
come out (of sth.)(从固定处)除掉，去掉；(污垢等)洗掉；清除
come out of sth. 由……形成(或产生)
come out of yourself精神放松、更加自信和友好地与他人交往