一个列表里可能有很多，那是为了方便你来选择，我列出了比较信得过的。但其实很多只有第一个是我真正在用的，我不喜欢试用程序。我不是一个合格的网络管理员，我的服务器都只设置了我自己需要的功能，那样可以省去我很多麻烦。
Shell: bash。它结合了 csh 和 ksh 的优点，并且有 readline 功能，你可以随意绑定自己的键盘。
编辑器： VIM, Emacs。
论文，幻灯工具：LaTeX, ConTeXt
绘图工具：MetaPost。这个语言太强了，以至于我只用它了。你不熟悉的话可以用xfig, dia 来画一些流程图之类的图片。
图像处理：ImageMagick。其中的 import 程序可以屏幕抓图，convert 程序可以转换图像格式，display 可以显示图片和简单编辑(缩放，换质量，转格式，简单绘图，简单虑镜)。通常我就这么点需要。如果你要更强大的图像工具可以用 Gimp, 它几乎和Photoshop差不多。
自动管理工具：make。我可以用make来自动编译程序，自动编译文档，自动更新插图…… 全自动，而且不会重复劳动。
数值计算程序：SciLab。这个程序基本上可以代替 Matlab。
代数计算程序：MAXIMA。这个程序基于世界上最老的计算机代数系统之一: 由美国能源部(DOE)发行的 MIT Macsyma 系统。它是用 Common Lisp 实现的。很多现在的符号计算程序比如 Maple 都从 MAXIMA 身上学到很多东西。它现在经过 DOE 批准以GPL发行，永远是一个自由软件。
加密程序：GnuPG。我的 PGP 密钥就是它搞出来的。
虚拟光驱程序。Linux 不需要虚拟光驱程序，直接 mount 就行了。
ftp 服务器：proftpd, vsftpd。proftpd 功能很强，但是我只用了最简单的一种设置。
WWW 服务器：apache。(我一般没有开)
ftp 客户程序：lftp，ncftp。它们都是文本方式操作的，但是比起图形界面的方便的多。比如 lftp 几乎具有 bash 的所有方便功能，Tab 补全，bookmark, queue, 后台下载，镜像…… Linux 也有图形界面的 ftp 客户程序，但是大多不稳定，有很多问题。这就是很多人抱怨 Linux 不如 Windows 的一个小原因。还有很多人用 Wine 模拟 Windows 的leapftp，其实 lftp 比 leapftp 好很多，你需要的只是适应一下。
自动下载工具：wget。它非常稳定，有一次我下载一个程序，用 IE 和 Mozilla 下载回来的文件都是坏的，最后还是 wget 可靠的传输了数据。