很学术啊，我试着答吧。
古今语音发生变化很大，我们读的，即用汉语拼音注解的，并非古代的语音。这也就是古代的平上去入五声变为而今的四声，和唐朝的律诗而今有的不押韵的原因。
所以能写进字典，已是作为标准。一般不会错，权威出版社可作准绳，来规范吧。如呆板的呆，旧读 ai 2(数字代表声调），两个音在这个词条下都有说明，现在一般读 dai 1，而且一般也以后者为准。相同的如高处不胜 sheng1(sheng4) 寒，从cong1(cong2)容，从zong4(cong)子.
现在说一下你的问题。
1、举个例子，退避三舍的舍，现代汉语一般读 she 3 ,而在退避三舍中读 she4 ，意思是长度单位，这个意义现在仅存在成语里，其他地方已没有了。即是说明词义范围的缩小是一个重要原因。
2、其次呢，如食字，在文言里做动词喂的意思的时候，一般读si4，妻做动词，读qi4.这里是古汉语区别与现代汉语的特殊语法现象造成的，如词类的活用（包括使动、意动用法），即名词、形容词用为动词等。如从，在动词时读作zong4。
3、还有一个，便是古今字和通假字的原因。前者如***是供的本字，在一些文言文章中读作gong。后者如生作为性的通假读作xing4，女作为汝的通假读作ru3.这也是一些字古音较今天多的一个原因。
4、最后呢，古代以单音节词为多，一词多音多义。现代词以双音节合成词为多，且逐渐走向规范，这一方面大致是这样的发展趋势。