其实在老的语法中，if 是不可以和 or not 连用的（不管是直接连用还是不直接连用），只有whether可以。
但随着英语的发展，很多权威的语法书已经接受了if 和or not 非直接连用，如
He didn’t know whether /if we should write or not.(＜最新牛津现代高级英汉汉英双解词典＞）
所以楼主举得两个例子，其实if和whether都可以，但whether更常用一些。
那么，什么是if 和 or not 的直接连用和不直接连用呢？
其实楼主举得例子都是非直接连用的，看一个直接连用的例子就会明白了：
I don’t know whether or not he'll come.
这个就是whether和or not 的连用，而if 不可以。
而非连用就是楼主举得那两个例子了。