AE本来就是做视频的，根本没有DPI设置这一项，如果一定要说，也只有视频默认的72DPI。
不过只要你没有缩放或者输出设置改变像素，问题不大。因为DPI只是像素分辨率而已，它只不过影响了打印尺寸和像素大小关系。
比如像素不变，DPI变大，那么打印尺寸就会变小，反之则变大。
所以你用ae调完色，再回PS修改DPI，同时修改文件打印尺寸，那么不会有任何清晰度的影响。
例：像素=800*600，DPI=300，打印尺寸=67.73mm*50.8mm
导入AE调色，输出后则变为像素=800*600，DPI=72，打印尺寸=282.22mm*211.67mm
导回PS，修改图像大小，DPI更改为300，像素更改为800*600，然后你可以观察一下打印尺寸有变化没。