我觉得可能还是编码不对吧。我也遇到这种情况，所以搜到了这个问题，查了很多东西也没有个结果。
我最开始数据都是用GB2312处理的，后来用结巴分词看文档上说用好用utf-8编码，就写了段代码把文本改成utf-8了，然后停用词文件也是用的utf-8保存的，但是不是用代码保存的，使用Notpad，之后就一直不能停用文件里的词。
后来，在代码中加了几个比较明显的停用词组成的list，当分出来的词不在list里的时候，才输出该词，结果就成功的停用了list里的所有词。
建议楼主再调整一下编码试试吧。
另外，我最开始用的是Python2.7.10，因为停用词没反应，我查到一个网页说他用Python3.4就好了，我又换了Python3.4.3，可是一样不能用，然后向我上面那么做的就好了，Python2.7还没有试，估计问题都差不多了吧...
楼主加油！Python程序猿加油！