历史证据显示，酸奶作为食品至少有4500多年的历史了，最早期的酸奶可能是游牧民族装在羊皮袋里的奶受到依附在袋的细菌自然发酵，而成为酸奶。现在，虽然许多国家都宣称酸奶是他们本国的发明，然而到目前为止还没有一个有力的证据能表明谁是第一个发现者，也许酸奶被独立地发现了很多次。
据十一世纪由麻赫穆德·喀什噶里编写的《突厥语大词典》以及尤素甫·哈斯·哈吉甫撰写的《福乐智慧》两本书中都记载了土耳其人在中世纪就在食用酸奶了。这两部书在不同侧面都提到了“yoghurt”这个词，并详细记录了游牧的土耳其人使用酸奶的方法。欧洲有关酸奶的第一个记载源自于法国的临床历史记录：弗朗西斯一世患上了一场严重的痢疾，当时的法国医生都束手无策，盟国的苏莱曼一世给他派了一个医生，这个医生宣称用酸奶治好了病人。
直到二十世纪，酸奶才成为了南亚、中亚、西亚、欧洲东南部和中欧地区的食物材料。俄国生物学家埃黎耶·埃黎赫·梅契尼可夫推断出保加利亚人长寿的原因是由于他们长久以来进食酸奶的习惯。梅契尼可夫提出乳酸菌是人类维持身体健康的一项重要元素，于是他开始于全欧洲推广酸奶这种食品。其后，一位西班牙企业家伊萨克·卡拉索将酸奶的生产工业化，于1919年，卡拉索在巴塞罗那推广他的酸奶产品，并以自己儿子的名字 Danone（达能）为商品命名，而在美国的名称“Dannon”更为人所熟悉。有一说法，酸奶在加入果酱果肉后，更能发挥其保护效能，对抗病毒的入侵，这种加入果酱果肉的酸奶最后在1933年，由一间布拉格的乳制品公司Radlická Mlékárna 取得专利，并于1947年由达能公司引入美国。