成吉思汗建国之后,确定了蒙古军的指挥系统。蒙古军队“自十而百,百而千,千而万,各有长”。十夫长称为“牌子头”,蒙古语作“阿儿班那颜”(“那颜”,意为“官人”);百户长称为“札温那颜”;千户长称为“敏罕那颜”;万户长称为“土绵那颜”。有时还设五十户长,称为“塔宾那颜”。蒙古大汗亲征,宗王、万户长、千户长等听从大汗的直接指挥。分军行动,则由大汗指定一名蒙古宗王或万户长、千户长作为军队的最高指挥官。受命指挥军队作战的人有权节制其他参战的军官。
成吉思汗西征时,授命左翼蒙古军万户长统管中原汉军,但部分汉军实际上听命于东道蒙古宗王(成吉思汗诸弟)。窝阔台统一汉军编制后,汉军万户长下设千户长、百户长和牌子头,由汉军将领充任;汉军万户长之上设立统军都元帅,由探马赤军将领担任。都元帅由蒙古大汗指定,指挥探马赤军和汉军作战、镇戍。蒙古大军出征,都元帅要接受大汗指定的蒙古宗王、万户长、千户长等前线指挥官的调遣。