《通鉴考异》用以说明史料取舍的原则和考证过程，遇年月、事迹有不同之处，均详加考订，并注明取舍的原因，“其中事同文异者，则请择一明白详备者录之，彼此互有详略，则请左右采获，错综铨次，自用文辞修正之，一如《左传》叙事之体也。此并作大字写。若彼此年月者，修入正文，余者注于其下，仍为叙述，所以取此舍彼之意。先注所舍者云某书云云，今按某书证验云云，或无证验，则以事理推之云云，今从某书为定；若无以考其虚实是非者，则云今两存之。其《实录》正史未必皆可据，杂史小说未必皆无凭，在高鉴择之。”，意在“辨正谬误，以祛将来之惑”。又如陈寿《三国志》记周瑜之死，未记明确年代，《通鉴》卷六六载，献帝建安十五年，周瑜卒于巴丘。司马光《通鉴考异》曰：“按，《江表传》，瑜与策同年，策以建安五年死，年二十六，瑜死时年三十六，故知在今年也。”
清代《四库全书总目》评《通鉴考异》： “ ……光既择可信者从之，复参考同异别为此书，辩证谬误，以祛将来之惑。昔陈寿作《三国志》，裴松之注之，详引诸书错互之文，折衷以归一是，其例最善。而修史之家未有自撰一书，明所以去取之故者。有之，实自光始。其后李焘《续通鉴长编》、李心传《建炎以来系年要录》，皆沿其义，虽散附各条之下，为例小殊，而考订得失则一也。 ” 近代史家陈寅恪认为司马光的“长编考异法”源自魏晋的佛经“合本子注”，所谓“裴世期之注《三国志》，深受当时内典合本子注之薰习，此盖吾国学术史之一大事。而后代评史者，局于所见，不知古今学术系统之有别流，著述体裁之有变例，以喜聚异同，坐长烦芜为言，其实非也