药用植物良种繁育的主要任务是：一方面加速繁殖新的优良品种，以便更换原来在生产上应用的老品种；另一方面保持新品种的优良性状，防止混杂和退化。
一、品种混杂退化的表现
品种混杂退化是影响生产的严重问题，不可忽视。根据在地黄上的观察，一株地黄劣种，一年能繁殖出十几株甚至几十株，第二年可发展到几百株，到第三年就可发展到数千株。在同一块地里，良种单株产量200—250g，而劣种仅36—56g，品种混杂退化后良种比例下降，劣种比例上升。例如河南地黄引种北京，初期良种占89%，劣种仅占11%，不进行去杂去劣，经过3年以后，良种仅占5.76%，劣种却上升到94.24%，亩产由1972kg下降到461.4kg。采取去杂去劣措施的比不采取该措施的增产3倍以上（表8—4）。又如我国广西特产罗汉果的混杂退化严重，传统的优良品种长滩果和拉江果在生产中的比重大幅度下降，据调查，优良品种的产量仅占总产量的25%，而长滩果还不到5%，特别是纯正的长滩果的雄株和冬瓜果品种已经很难找到，这些濒危品种如果不注意保存、提纯复壮、繁育发展，将有绝种的危险。
表8—4 去杂去劣对地黄产量的影响
此外，如玄参、白术等重要药用植物也有类似的退化现象。
二、良种混杂退化的原因
（一）机械混杂
良种中混进了异品种或异种植物的种子或栽子叫机械混杂。机械混杂是在播种、收获、晒干、贮藏过程中操作不严造成的，是目前种子混杂的主要原因，应高度重视。
（二）生物学混杂
在生产过程中，由于和其它品种及类型发生天然杂交而引起的混杂叫生物学混杂。优良品种中有个别植株和其它品种杂交后，后代必然发生分离，使本来整齐一致的优良品种中出现了五花八门的个体，破坏了优良品种的整齐性和丰产性。此外，有些需要进行人工授粉的药用植物，如果对所授花粉选择不当也会引起混杂退化。例如在给罗汉果进行人工授粉时，如果不注意选择优株花粉就会使所结果实的形态和品质变劣。
（三）品种本身的性状分离
品种的“纯”只是相对的，任何一个新品种不可能做到所有性状都绝对稳定，而是或多或少都带有一定的杂合性，在生产过程中不可避免地要产生性状分离，从而造成品种的混杂退化。
（四）良种本身的自然突变
按照遗传学的观点，性状是由遗传物质即基因控制的，在自然界，基因突变是经常发生的，基因改变必然引起相应的性状的改变，而且这种改变了的性状是会遗传给后代的。改变了的性状与原来不同，也就是混杂了。
（五）不科学的无性繁殖
例如罗汉果传统的繁殖方法是利用垂于棚下的徒长性匍匐茎（群众称为“懒藤”）压蔓繁殖。但是，一般情况是生长发育良好、开花结果多的母株“懒藤”较少，还未开花结果的幼苗和徒长不结果的母株才生长较多“懒藤”。因此，这种繁殖方法不是繁殖良种，相反是广泛繁殖了劣种。又如地黄用块茎繁殖，有人为了节约用种量，往往将膨大好的块茎作商品，而将膨大不好的细长地下茎留种，这种不科学的留种方法也会导致种性退化。
三、防止品种退化的方法
一个优良品种应经常去杂保纯，如果不及时采取措施，等混杂退化严重后再来提纯复壮就事倍功半了。在防杂保纯的技术上主要抓以下几个环节：
（一）去杂去劣
在收获和贮藏过程中除了避免上述原因的机械混杂外，在药苗生长季节，首先应根据品种的特征特性，把与良种不同的杂株拔除，保留纯的植株。其次，如果种过一个品种的地块，第二年再种另一品种，头一年收挖不尽的品种有可能混杂，因此要注意轮作。
（二）隔离繁殖
自花授粉的药用植物异交率不高，一般不用隔离，异花授粉和常异花授粉的药用植物，为防止异交，要采取措施隔离繁殖。隔离的方法有空间隔离（品种或类型相隔一定距离种植）；时间隔离（使不同品种或类型花期不遇）；天然屏障（房屋、树木、高秆作物等）或人工屏障（用塑料薄膜、网罩等）隔离。少数珍贵药用植物也可用人工套袋方法隔离。但是简便而经济的方法还是空间隔离，因为药用植物采种面积一般都不很大，种类也不会太多，有条件将其分开种植。根据作者对延胡索授粉习性的观察，延胡索为异花授粉植物，品种内自交基本不结实，但与它种元胡相邻种植时，结实率可达61.3%，相距50m左右时，结实率降为21.5%，相距500m，结实率仅1.4%，在温室内由于没有昆虫授粉，完全不结实。以上说明空间隔离是防止混杂退化的重要手段。
（三）加强选择
人工选择不仅可以除去杂株，保证品种纯度，并且有巩固和提高优良性状的作用。选择的方法和标准要根据不同的药用植物而定。例如浙江贝母，由于繁殖系数低，为保证种子质量，生产上将商品地和种子地分开。对种子地的栽子有较高的要求，一般是选鳞茎 中等大小、无病虫害、鳞片抱合较紧的二号贝作种栽。因为种子地的种栽过大，不但成本高，而且由于增加了种子地用种量而相应地减少了商品地用种量，从而影响了当年商品产量。种栽过小则不能保证种子地贝母的质量，会严重影响以后贝母种子和商品的产量和品质。又如元胡的块茎分“母元胡”和“子元胡”两种，“母元胡”是由栽子块茎内部形成，由于组织相应较老化，生活力较“子元胡”低。用其作种栽，地下茎纤细，所结块茎小，产量低。“子元胡”则由地下茎节膨大而来，块茎扁圆光滑，生活力强。因此宜选择“子元胡”作种。罗汉果优株与劣株的单株结果数可相差十多倍，应选优良母株而不用劣株来进行繁殖。
选择的方法归纳起来有三大类：（1）单株选择；（2）混合选择；（3）改良混合选择。由此看出培育新品种和良种繁育都用选择法，那末两者之间有何区别呢？区别主要在于选择的目标不同，因此，所得结果也就不同。培育新品种是在原品种或人工诱变的材料中选择优良的变异单株，培育出来的新品种与原品种是不相同的，是优于原品种的，只有超过原有品种，才达到了培育新品种的目的。而提纯复壮（良种繁育）是选择具有原品种典型性状的单株，提纯复壮以后的品种，只要保留了原品种的优良性，就达到了目的。例如地黄新品种A和6272，其亩产量曾分别达到1916和2388kg，由于这两个新培育出来的品种都存在优劣两种类型的个体，因此退化很快。后来把6272品种中的优良类型选出来单独繁殖，恢复了6272品种原来的种性，使亩产达到1950kg，而没有进行选择复壮的A品种亩产仅413kg，完全退化而被淘汰。
（四）改变繁殖方法
有的药用植物长期无性繁殖容易引起生活力衰退，采用有性繁殖则可使生活力得到提高。天麻就是一个实例。天麻的人工栽培，开始是用无性繁殖的，中国医学科学院药用植物资源开发研究所的科研人员在生产中发现，长期无性繁殖的种栽有退化现象，经过努力，终于发明了天麻的有性繁殖方法——树叶菌床法，既解决了天麻无性繁殖种栽的退化问题，又解决了天麻种源缺乏的问题。
（五）其它方法
1.异地换种
本地品种退化严重，可从外地调进种子以提高生活力和适应性。如美国栽培西洋参，为了提高产量和质量，常常从加拿大购进种子以替换自产种子。我国平原栽培川芎常常在山区培育“芎苓子”，实际上也是异地换种的一种方式。
2.采用倒栽方法生产繁殖材料
如地黄用块茎繁殖，如果用春栽地黄秋天收获的块茎作栽子，由于块茎大，不但用种量大、成本高，而且生长不好，产量不高。若在7月份将未长大的地黄块茎刨出栽植（俗称倒栽）到回苗时，其块茎不但数量多，而且大小匀称，相对处于年幼和生活力较强的阶段，用这种块茎作种栽，不但成本低，而且生长好产量高，可防止退化。
3.利用茎尖培养方法获得无病毒植株
例如地黄农家品种金状元，经过茎尖培养所得无病毒苗与原品种相比，病害轻，产量高，可使因感染病毒而退化的品种复壮。
此外，根据每种药用植物所要求的环境条件，选择适宜地区种植，注意栽培技术，加强肥水管理，防治病虫害等都是防止品种退化的重要环节。