邓叔群对我国真菌学，尤其对粘菌和高等真菌的研究和发展作出了突出的贡献，他生前发表的有关真菌的近40篇论文和两部专著为我国真菌学事业奠定了基础。他在国际上享有声誉：苏联曾将他1939年出版的专著《中国高等真菌》译成俄文；苏联著名多孔菌专家邦达尔采夫（Бондарцев）、法国著名伞菌专家厄姆（Heim）多次向他函索著作；1957年捷克斯洛伐克与我国交换标本时，指名要他亲自鉴定的高等真菌标本；美、英、法、日、苏、匈、葡、加拿大、瑞典等国学者把自己的著作赠给他，并要求交换著作。
1940年以前他主要是从事真菌分类学的工作，截至1940年，他***发现4个新属、120个新种、6个新变种、18个新组合体。这些新的发现曾在他1932—1940年发表的30余篇论文中陆续有所报道，例如，在《中国真菌续志》（二）中***描述了55种子囊菌和一种半知菌，其中就包括他发现的29个新种和两个新变种；在《中国真菌续志》（五）中***描述了76个属的172个种，其中就包括他发现的1个新属、15个新种和1个新组合体；在《中国真菌续志》（八）中***描述了47个属的102个种，其中就包括他发现的1个新属、5个新种和7个新组合体；在《中国高等真菌补志》中则报道了他发现的两个新属、4个新种和1个新组合体。邓叔群所发现的新属和新种得到国际上的公认，并被载入英国真菌研究所编辑的《真菌学辞典》。这是载入这本具有世界权威性的辞典的唯一的由中国人鉴定的新菌种。1939年，他的第一部专著《中国高等真菌》（英文版）出版。这是他回国后10年中对中国高等真菌分类研究的总结，书中包括了上述他的新发现，全书描述了子囊菌10目38科179属475种；担子菌9目28科128属718种；半知菌4目9科80属198种，总***23目75科387属1391种。其中每个目、科、属、种都根据标本进行了详细的描述，并在每个菌名下列举了寄主、生长习性和采集地点。
回国近40年来，截至1966年，他亲手采集和鉴定的真菌标本数以万计，他所研究过的真菌种类达3400种以上，占已知全国真菌总数的近50%（据1979年科学出版社出版的《真菌学总汇》统计，已知全国真菌约7000种）。1963年出版的100余万字的第二部专著《中国的真菌》，是他回国后截至1963年以前的研究总结，亦是1939年出版的《中国高等真菌》的增订本，书中包括粘菌和全部真菌，以粘菌、高等子囊菌和高等担子菌为主，还有藻状菌、半知菌等。全书描述了总***41目119科601属约2400种和110个新组合。同第一本专著一样，每个目、科、属、种都是根据标本进行了详细的描述，列举了寄主、生长习性和采集地点。
《中国的真菌》出版后，他又陆续系统地对中国国内的真菌进行仔细研究，截至1966年又研究出1000余种，原准备在《中国的真菌》第二版时将这1000余种全部增补进去，但“文化大革命”毁掉了这些手稿。另外，他已拟好提纲准备着手编写的其它三部专著——《真菌的系统发育》、《真菌的生态》和《真菌学》（上中下三册）——也同样被扼杀。
另外一部1966年5月刚刚完稿的40万字并附600幅彩图的专著《蘑菇谱——中国的食用菌与毒菌》，这是他积整整八年的心血作为向1966年“七·一”的献礼书稿，在“文化大革命”中也同遭厄运。这部专著是他在1957—1965年期间跑遍全国各主要林区采集标本、亲自鉴定、就地绘图、深入林区向群众调查访问，集德、法、日、英、美各国当时最新研究成果之大成，结合我国的实际情况而写成的。该书从1963年起就被科学出版社列为重点出版项目。书中描述了国内600余种可食用的和有毒的蘑菇，包括食用菇与有毒蘑菇的识别方法，各种食用菇的营养价值及国外的有关分析资料，各种毒菇的毒素类型和结构特性、中毒症状、解毒方法及国外有关毒理学和解剖学的研究结果。