通用的， 没什么区别。
推荐写作“启航”。“起航”是异形词，不推荐使用(可以参考国家发布的异形词整理表)。
另外，首次航行叫“首航”。
启航和起航，没有什么区别，可以通用。用于车、船、飞机开始上路意思，二者可以互用。
例如:
[启程]起程，上路;---见《现代汉语词典》889页
[启运]起运，;---见《现代汉语词典》889页
[起程]上路，行程开始;;---见《现代汉语词典》891页
[起航]轮船出发，;---见《现代汉语词典》891页
但是，有的地方不通用:
例如;
[起跑][起步]，不能写为:启跑，启步。