这两个词，巧了，我有本词典正说到这个问题。录下参考：
疼Téng
痛Tòng
同义词。形容词。疾病、创伤等引起的难受感觉。常通用，如“牙疼（痛）”、“伤口痛（疼）”。
辨异：疼只用于肉体难受这一具体意义。比“痛”更多用于口头语。例：那个押送兵，忽然闪在一边，和后边的那个押送兵说他肚子～。（赵树理《灵泉洞》）
注明：“疼”还指心爱（动词），如“妈妈都～孩子。”
痛可以指肉体难受（例1可以换成“疼”）或精神难受（例2）。还多用于书面语体，能构成很多惯用词语，如“～心”、“～觉”、“～痒”、“头～医头，脚～医脚”等。例：1、敌人踩着竹钉，～得直叫（杨朔《海罗杉》）。2、象是黄蜂的毒剌，这几句话剌～我的心（杨朔《潼关之夜》）。
注明：“痛”还有两个意义：（一）悲伤，如“悲～”、“～定思～”、“～不欲生”；（二）尽情地、深切地、彻底地（副词），如“～饮”、“～恨”、“～改前非”等。