根据《关于国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工的意见》规定：
“①工业(合内贸)、水利、交通、铁道、民航、信息产业等行业和产业项目的招投标活动的监督执法，分别由经贸、水利、交通、铁道、民航、信息产业等行政主管部门负责;
②各类房屋建筑及其附属设施的建造和与其配套的线路、管道、设备的安装项目和市政工程项目的招投标活动的监督执法，由建设行政主管部门负责;
③进口机电设备采购项目的招投标活动的监督执法，由外经贸行政主管部门负责。”
所以，根据行业和专业的不同，招标投标投诉处理部门不同。
参考资料：