居鲁士在位29年（约公元前558～前529年），但最后究竟是怎样死去的，却始终是个历史之谜。据古代希腊历史学家希罗多德的记载，居鲁士在占领巴比伦之后，转而向东北进军，以图降服中亚的游牧民族。希罗多德说，这是“蛮人”（非希腊人）所进行的“最激烈的一次战争”。波斯军队大部分战死，居鲁士本人也战死在疆场。战斗结束后马萨革泰女王托米丽斯为报子仇，用革囊盛满人血，然后在波斯阵亡者的尸体中间找到居鲁士的尸体，将其首级割下放在她那只盛血的革囊里。
然而虎父无犬子，他的儿子冈比西斯二世很快打败了马萨革泰女王，并抢回了父亲的遗体。居鲁士的遗体归葬故都帕萨尔加迪（位于今伊朗法尔斯省），他赢得了永久的尊敬。200年后，灭亡波斯帝国的亚历山大大帝从希腊东征到此，不仅没有毁坏他的陵墓，相反还下令加以修葺。居鲁士陵2500年来屹立不倒，在陵墓旁的一根柱子上，一段铭文至今仍清晰可见：“我是居鲁士王，阿契美尼德宗室。”